Lego Mindstorm ympäristöllä on suhteellisen helppoa oppia ohjelmoimaan eri menetelmillä. Yksinkertaisin tapa on tehdä ohjelmaa graafisesti esimerkiksi National Instrumentsin Labview ohjelmalla tai Matworksin Matworksin Matlabilla tai Simulinkilla. Ohjelmaa voidaan hyös tehdä "oikeilla" ohjelmointikielillä kuten C:llä ja C++:lla. Ehkä helpoin tapa ohjelmoida melkein oikealla C:llä on käyttää RobotC kehitysympäristöä. RobotC:llä voi tehdä helpoiten kaiken mitä Mindstorm tajoaa.