Jos syntyy tarve tarkentaa tai muuttaa vahvistettua työsuunnitelmaa, kaikista työsuunnitelman muutoksista sovitaan opettajan ja koulutuspäällikön kesken. Mikäli muutokset voidaan toteuttaa vahvistetun työsuunnitelman puitteissa, ei työsuunnitelmaa tarvitse vahvistaa uudelleen. Muussa tapauksessa sovitaan työsuunnitelman muuttamisesta tai lisätöistä opettajan ja koulutuspäällikön kesken ja klusterinjohtaja vahvistaa muutetun työsuunnitelman. Jos työsuunnitelmaa on tarpeen muuttaa, Peppiin tallennetaan siitä uusi versio. Molemmat versiot säilyvät ohjelmassa.

Kun työsuunnitelma merkitään valmiiksi Pepissä, se tallentuu ohjelmaan pdf-muodossa ja säilyy siellä muuttumattomana vaikka työsuunnitelmaan liittyviä tehtäviä myöhemmin muutettaisiin.

Työsuunnitelmaa ei tarvitse tulostaa ja allekirjoittaa, koska Pepistä löytyy aina sekä voimassa oleva että sitä edeltäneet vahvistetut työsuunnitelmat.